แม้วันที่ 7 สิงหาคม 2559 ร่างรัฐธรรมนูญ 2559 จะผ่านการออกเสียงประชามติความเห็นชอบจากประชาชนส่วนใหญ่ แต่หลังจากวันออกเสียงประชามติก็มีการแก้ไขร่างรัฐธรรมนูญอีกครั้ง เพื่อให้สอดคล้องกับคำถามพ่วงที่ผ่านประชามติเห็นชอบเช่นกัน นอกจากนี้ ยังมีการออกคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) จำนวนสองฉบับเพื่อ "ปะผุ" ร่างรัฐธรรมนูญ หลังจากเกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวาง
แก้ร่างรัฐธรรมนูญให้ ส.ว.ร่วมเลือกนายก แต่เสนอชื่อไม่ได้
หลังจากที่การลงประชามติเสร็จสิ้น เสียงส่วนใหญ่ของผู้ออกมาใช้สิทธิมีมติเห็นชอบทั้งร่างรัฐธรรมนูญ และคำถามพ่วง "เห็นชอบให้ส.ว.ที่มาจากการแต่งตั้ง ร่วมกับ ส.ส.เลือกนายกฯ" กรรมมาธิการร่างรัฐธรรมนูญ (กรธ.) จึงดำเนินการแก้ไขร่างรัฐธรรมนูญเพื่อให้สอดคล้องกับคำถามพ่วง โดยมีการแก้ไข มาตรา 272 ให้ส.ว.มีสิทธิร่วมส.ส.ในการเลือกนายกรัฐมนตรี เพียงประเด็นเดียว
อย่างไรก็ตามเมื่อกรธ.ส่งให้ศาลรัฐธรรมนูญตีความ และศาลรัฐธรรมนูญได้ตีความกลับ โดยแถลงคำวินิจฉัยว่า ร่างรัฐธรรมนูญซึ่งกรธ. แก้ไขในมาตรา 272 ไม่ชอบด้วยผลประชามติ และให้ กรธ.ดำเนินการแก้ไขตามที่ศาลรัฐธรรมวินิจฉัย ซึ่งประเด็นที่กรธ. แก้ไขตามศาลรัฐธรรมนูญมีสามประเด็น คือ
1) "ส.ส.มีสิทธิเสนอชื่อนายกรัฐมนตรีเท่านั้น" ศาลวินิจฉัยว่าการแก้ไขร่างรัฐธรรมนูญประเด็นนี้สอดคล้องกับผลประชามติแล้ว คือ ให้ ส.ส.เป็นผู้เสนอชื่อนายกฯ ทั้งจากบัญชีรายชื่อพรรคการเมือง และนายกฯ คนนอก โดยส.ว.ไม่มีสิทธิเสนอชื่อนายกรัฐมนตรี
2) "ให้ ส.ว.ร่วมกับส.ส. ตัดสินใจเปิดทางนายกฯ คนนอก" จากเดิมร่างรัฐธรรมนูญกำหนดให้เป็นหน้าที่ของส.ส.ไม่น้อยกว่ากึ่งหนึ่งของทั้งสภามีอำนาจริเริ่มเสนอให้มีนายกฯ ที่ไม่ได้มาจากการเลือกตั้งได้ ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยว่า การแก้ไขไม่สอดคล้องกับผลประชามติ โดยให้การเริ่มตัดสินใจว่าจะมีนายกฯ คนนอก หรือไม่ เป็นหน้าที่ของส.ว.รวมกับส.ส.ไม่น้อยกว่าสองในสามของสมาชิกทั้งหมด
3) "เลือกนายกฯ คนนอกไม่จำกัดภายในวาระแรก" จากเดิมร่างรัฐธรรมนูญมาตรา 272 กำหนดให้การเลือกนายกฯ คนนอกสามารถเกิดขึ้นเพียงครั้งเดียวในวาระเริ่มแรกหลังการเลือกตั้งส.ส. ครั้งแรกเท่านั้น แต่ศาลรัฐธรรมนูญให้เปลี่ยนเป็น จะเลือกนายกฯ คนนอกกี่คนก็ได้ ภายในระยะเวลา 5 ปีแรก
ม.44: ขยายเรียนฟรีจาก 12 ปีในร่างรัฐธรรมนูญ เป็น 15 ปีแทน
เรื่องแรก เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน 2559 ก่อนวันออกเสียงประชามติ หัวหน้าคสช.อาศัยอำนาจตามมาตรา 44 แก้ปัญหาร่างรัฐธรรมนูญ เรื่องการศึกษา โดยเนื้อหาในร่างรัฐธรรมนูญตามมาตรา 54 ระบุไว้ว่า "รัฐต้องดำเนินการให้เด็กทุกคนได้รับการศึกษาเป็นเวลา 12 ปี ตั้งแต่วัยก่อนเรียนจนจบการศึกษาภาคบังคับอย่างมีคุณภาพโดยไม่เก็บค่าใช้จ่าย" ซึ่งมาตราดังกล่าวถูกวิพากษ์วิจารณ์เป็นอย่างมาก ว่าเป็นการลดทอนสิทธิในการศึกษา รวมทั้งในนโยบายทางด้านการศึกษาของรัฐบาลที่ผ่านมานั้น มีนโยบายให้เรียนฟรี 15 ปี การที่ร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ระบุให้เรียนฟรีเพียง 12 นั้นเป็นเรื่องที่ขัดกับนโยบายทางด้านการศึกษาที่ผ่านมา
หลังจากนั้น คสช. จึงอาศัยอำนาจตามมาตรา 44 ประกาศคำสั่ง หัวหน้าคสช. ฉบับที่ 28/2559 เรื่องให้จัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน 15 ปี โดยไม่เก็บค่าใช้จ่าย โดยให้เหตุผลว่า รัฐบาลที่ผ่านมามีนโยบายการจัดการศึกษาโดยไม่เก็บค่าใช้จ่ายเป็นเวลา 15 ปี และเพื่อให้สอดคล้องกับนโยบายด้านการศึกษาของคสช. และนโยบายปฏิรูปการศึกษาของรัฐบาล จึงยืนยันแนวทางดังกล่าว และพัฒนาต่อไปด้วยการยกระดับจากการเป็นโครงการตามนโยบายของแต่ละรัฐบาลให้เป็นหน้าที่ของรัฐและมาตรการตามกฎหมาย เพื่อเป็นหลักประกันความยั่งยืนมั่นคง และเพื่อให้สามารถจัดงบประมาณสนับสนุนได้อย่างต่อเนื่อง
ม. 44: ให้รัฐสนับสนุนการศึกษาและเผยแพร่คำสอนทุกศาสนา ไม่ใช่เพียงแค่พุทธศาสนา นิกายเถรวาท
เรื่องถัดมา คือเรื่องศาสนา ในร่างรัฐธรรมนูญ มาตรา 67 ระบุว่า "รัฐพึงอุปถัมภ์และคุ้มครองศาสนาพุทธและศาสนาอื่น" และวรรคต่อมา ในการคุ้มครองอุปถัมภ์พระพุทธศาสนา ให้รัฐสนับสนุนการศึกษาและการเผยแพร่ หลักธรรมของพุทธศาสนานิกายเถรวาท และให้มีมาตรการและกลไกไม่ให้มีการบ่อนทำลายไม่ว่าในรูปแบบใด
บทบัญญัติดังกล่าวนี้ถูกวิพากษ์วิจารณ์เป็นอย่างมากเนื่องจากถูกมองว่าเป็นการริดรอน และเลือกปฏิบัติ ประกอบกับผลประชามติของ 3 จังหวัดชายแดนใต้ปรากฎไม่เห็นชอบกับร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ อันเนื่องมาจากบทบัญญัติเกี่ยวกับศาสนา วันที่ 22 สิงหาคม 2559 คสช.จึงใช้มาตรา 44 ออกคำสั่งหัวหน้าคสช. ฉบับที่ 49/2559 เรื่องมาตรการอุปถัมภ์และคุ้มครองศาสนาต่างๆ ในประเทศไทย โดยขยายความคุ้มครองศาสนาและอุปถัมภ์ทุกศาสนา และให้รัฐสนับสนุนการศึกษาและเผยแพร่คำสอนที่ถูกต้องของแต่ละศาสนา โดยที่ไม่ขัดต่อกฎหมาย
