หากร่างรัฐธรรมนูญ ผ่านการทำประชามติ จะมีผลกับคนทั้งประเทศรวมถึงคนรุ่นหลังที่ไม่มีโอกาสร่วมตัดสินใจในวันนี้ด้วย โดยประเด็นที่ยังเป็นปัญหาจะแทบไม่มีโอกาสแก้ไขได้ กติกาที่ออกแบบมาเพื่อตอบสนองความต้องการเฉพาะหน้าเช่นนี้มีแต่จะนำไปสู่ความขัดแย้ง การทุจริตและความขัดแย้งทางการเมืองจะยังมีอยู่ต่อไปและมีแต่แนวโน้มจะรุนแรงมากยิ่งขึ้น
แหล่งข่าวจากศาลปกครองสูงสุด เพิ่งเผยแพร่เอกสารที่ชี้ว่า จากคำพิพากษา "ไม่รับคำฟ้อง" ที่กลุ่มนักเคลื่อนไหวยื่นขอให้เพิกถอนประกาศกกต.เรื่องห้ามการแสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับประชามตินั้น เบื้องหลังพบว่าคำพิพากษานี้ออกมา "ไม่เป็นเอกฉันท์" ด้วยเสียง 3-2
ประชามติของประเทศสวิตเซอร์แลนด์จะเกิดขึ้นตามเจตจำนงของพลเมืองเท่านั้น ซึ่งแตกต่างจากการทำประชามติที่ริเริ่มจัดทำขึ้นโดยรัฐบาล (Plebiscite) ที่มักมีไว้เพื่อสร้างความชอบธรรมให้ผู้มีอำนาจ ที่สวิตเซอร์แลนด์ รัฐบาลหรือรัฐสภาไม่สามารถสั่งให้ทำประชามติขึ้นเองแต่ต้องเกิดจากประชาชน และผลของการทำประชามติเป็นสิ่งที่รัฐบาลต้องทำตาม ไม่ว่าจะเห็นด้วยหรือไม่ก็ตาม
พม่าลงประชามติรับร่างรัฐธรรมนูญในปี 2008 ซึ่งเป็นหนึ่งขั้นของโรดแมปไปสู่ประชาธิปไตยของรัฐบาลทหาร ระหว่างการทำประชามติมีทั้งข้อกล่าวหาเรื่องการโกง การโฆษณาชวนเชื่อของรัฐบาล และการจับกุมฝ่ายเห็นต่าง จนกระทั่งพายุนาร์กีส ผลออกมาโหวตรับท่วมท้น 93%
ก่อนหน้านี้ ถ้ารัฐบาลจะลงนามในข้อตกลงระหว่างประเทศที่มีผลต่อเศรษฐกิจและสังคม ต้องให้ข้อมูลประชาชนและจัดรับฟังความคิดเห็นของประชาชนประก่อนการดำเนินการ แต่ตามร่างรัฐธรรมนูญ ฉบับลงประชามติ ไม่มีขั้นตอนนี้คอยบังคับรัฐบาลแล้ว
ยังมีความเห็นที่แตกต่างกันในสังคมว่า ร่างรัฐธรรมนูญ ฉบับลงประชามติ จะช่วยคุ้มครองและทำให้สิทธิของชุมชนใช้ได้จริงในทางปฏิบัติมากขึ้นหรือน้อยลง เนื่องจากร่างนี้ ‘ตัดสิทธิ’ การแสดงความคิดเห็นของประชาชนต่อโครงการของรัฐ และตัดขั้นตอนการขอความเห็นชอบจากองค์กรอิสระด้านสิ่งแวดล้อมก่อนดำเนินโครงการต่างๆ
ร่างรัฐธรรมนูญฉบับ 2559 เขียนหมวดหน้าที่ของรัฐขึ้นมาเป็นครั้งแรก และเขียนสิทธิหลายประการใหม่ไว้ในหน้าที่ของรัฐแทน หลายฝ่ายกังวลว่า จะเป็นการตัดสิทธิของประชาชน ด้านกรธ. มองว่า เขียนแบบนี้คุ้มครองได้มากกว่า
ประเด็นการกระจายอำนาจเป็นสิ่งที่พัฒนาอย่างต่อเนื่องตั้งแต่รัฐธรรมนูญ 2540 ถึงรัฐธรรมนูญ 2550 เป็นต้นมา ปัจจุบัน การกระจายอำนาจสู่ระดับท้องถิ่นต้องหยุดชะงักลงอย่างไม่มีกำหนด เมื่อ คสช.รัฐประหาร นอกจากนี้ในร่างรัฐธรรมนูญปี 2559 ที่จะถูกนำไปออกเสียงประชามติก็ไม่มีการบัญญัติไว้ในรัฐธรรมนูญอย่างชัดเจนถึงการกระจายอำนาจสู่ระดับท้องถิ่น เมื่อเปรียบเทียบกับร่างรัฐธรรมนูญฉบับก่อนหน้า
ประเด็นครม.ในร่างรัฐธรรมนูญฉบับมีชัย ฤชุพันธุ์ พรรคเพื่อไทยและนักวิชาการบางส่วน วิจารณ์ว่าให้อำนาจกับองค์กรตุลาการ และองค์กรอิสระ ตรวจสอบฝ่ายรัฐบาลซึ่งมีที่มาจากประชาชนแต่งเพียงฝ่ายเดียวเท่านั้น ซึ่งขัดแย้งหลักตรวจสอบถ่วงดุล ในทางตรงข้าม กรธ.อธิบายว่าเป็นเพียงแต่เพิ่มกลไกในการตรวจสอบการทำงานให้มีประสิทธิภาพมากขึ้นเท่านั้น
การทำงานขององค์กรอิสระหลายครั้งก่อให้เกิดการตั้งคำถามจากประชาชน จนมีการเรียกร้องให้องค์กรอิสระและศาลรัฐธรรมนูญยึดโยงกับประชาชนให้มากขึ้น แต่ทว่า ที่มาของ "คณะกรรมการสรรหา" ตามร่างรัฐธรรมนูญฉบับลงประชามติ กลับมีสัดส่วนตัวแทนที่ยึดโยงกับประชาชนเป็นเสียงส่วนน้อยอยู่เสมอ ถึงแม้ร่างรัฐธรรมนูญฉบับนี้ยังมีการเพิ่มอำนาจขององค์กรอิสระให้มากกว่าเดิมก็ตาม
